Туберкулезны диагностикалау һәм даруларга чыдамлыкны ачыклау өчен яңа корал: туберкулезга югары сизгерлекне диагностикалау өчен машина белән өйрәнү белән берләштерелгән яңа буын максатчан секвенирлау (tNGS)
Әдәбият отчеты: CCa: тНГС һәм машина белән өйрәнүгә нигезләнгән диагностик модель, ул бактериаль туберкулез һәм туберкулез менингиты аз булган кешеләр өчен яраклы.
Диссертация исеме: Туберкулезга юнәлтелгән киләсе буын секвенирлавы һәм машина белән өйрәнү: төнге үпкә каналлары һәм каналлы менингит өчен ультра сизгер диагностик стратегия.
Вакытлыча: 《Клиника Чимика Акта》
ӘГӘР：6.5
Басма көне: 2024 елның гыйнвары
Кытай Фәннәр академиясе университеты һәм Башкала медицина университетының Пекин күкрәк хастаханәсе белән берлектә, Macro & Micro-Test яңа буын максатчан секвенирлау (tNGS) технологиясенә һәм машина белән өйрәнү ысулына нигезләнгән туберкулез диагностикасы моделен булдырды, бу аз бактерияле туберкулез һәм туберкулез менингитын бик югары ачыклау сизгерлеген тәэмин итте, ике төр туберкулезны клиник диагностикалау өчен яңа гиперсизгерлек диагностикасы ысулын тәкъдим итте һәм туберкулезны төгәл диагностикалауга, даруларга чыдамлыкны ачыклауга һәм дәвалауга ярдәм итте. Шул ук вакытта, пациентның плазмасындагы cfDNA туберкулез диагнозында клиник үрнәк алу өчен яраклы үрнәк төре буларак кулланылырга мөмкин булуы ачыкланды.
Бу тикшеренүдә ике клиник когорта булдыру өчен 227 плазма үрнәге һәм арка мие сыекчасы үрнәкләре кулланылды, аларда лаборатория диагностик когорта үрнәкләре туберкулез диагнозын куюның машина белән өйрәнү моделен булдыру өчен кулланылды, ә клиник диагностик когорта үрнәкләре билгеләнгән диагностик модельне тикшерү өчен кулланылды. Барлык үрнәкләр дә башта Mycobacterium tuberculosis өчен махсус эшләнгән максатчан тоту зонд пулы белән билгеләнде. Аннары, TB-tNGS секвенирлау мәгълүматларына нигезләнеп, карар агачы моделе лаборатория диагностик чиратының өйрәтү һәм валидация җыелмаларында 5 тапкыр кросс-валидация үткәрү өчен кулланыла, һәм плазма үрнәкләренең һәм арка мие сыекчасы үрнәкләренең диагностик бусагалары алына. Алынган бусага ачыклау өчен клиник диагностика чиратының ике тест җыелмасына кертелә, һәм өйрәнүченең диагностик эшчәнлеге ROC кәкресе белән бәяләнә. Ниһаять, туберкулез диагнозы моделе алынды.
1 нче рәсем. Фәнни тикшеренү дизайнының схематик диаграммасы
Нәтиҗәләр: Бу тикшеренүдә билгеләнгән CSF ДНК үрнәгенең (AUC = 0.974) һәм плазма cfDNA үрнәгенең (AUC = 0.908) специфик бусагаларына ярашлы, 227 үрнәк арасында CSF үрнәгенең сизгерлеге 97.01%, спецификлыгы 95.65%, ә плазма үрнәгенең сизгерлеге һәм спецификлыгы 82.61% һәм 86.36% тәшкил иткән. Туберкулезлы авырулардан плазма cfDNA һәм баш мие сыекчасы ДНКсының 44 пар үрнәген анализлау барышында, бу тикшеренүнең диагностик стратегиясе плазма cfDNA һәм баш мие сыекчасы ДНКсында 90.91% (40/44) югары консистенциягә ия, һәм сизгерлек 95.45% (42/44). Үпкә туберкулезы белән авыручы балаларда бу тикшеренүнең диагностик стратегиясе шул ук пациентларның ашказаны согы үрнәкләренең Xpert ачыклау нәтиҗәләренә караганда плазма үрнәкләренә сизгеррәк (28.57% VS 15.38%).
2 нче рәсем. Халык үрнәкләре өчен туберкулез диагностикасы моделенең нәтиҗәлелеген анализлау
3 нче рәсем. Парлы үрнәкләрнең диагностик нәтиҗәләре
Йомгак: Бу тикшеренүдә туберкулез өчен гиперсизгер диагностик ысул булдырылды, ул олигобацилляр туберкулезлы клиник пациентлар өчен иң югары ачыклау сизгерлегенә ия диагностик корал бирә ала (тискәре культура). Плазма cfDNA нигезендә гиперсизгер туберкулезны ачыклау актив туберкулез һәм туберкулез менингитын диагностикалау өчен яраклы үрнәк төре булырга мөмкин (ми туберкулезы белән шикләнелгән пациентлар өчен плазма үрнәкләрен җыю цереброспиналь сыекчага караганда җиңелрәк).
Оригиналь сылтама: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990?%3Dihub аша
Макро һәм микро-тест туберкулез сериясен ачыклау продуктлары белән кыскача таныштыру
Туберкулез белән авыручыларның катлаулы үрнәк хәлен һәм төрле ихтыяҗларын исәпкә алып, Macro & Micro-Test компаниясе какырык үрнәкләреннән сыекландыру ысулы белән чыгару, Qualcomm китапханәсен төзү һәм секвенирлау, шулай ук мәгълүматларны анализлау өчен NGS чишелешләренең тулы комплектын тәкъдим итә. Продукция туберкулез белән авыручыларны тиз диагностикалауны, туберкулезның даруларга чыдамлыгын ачыклауны, туберкулез микобактерияләре һәм NTM типларын, бактерияләргә тискәре туберкулез һәм туберкулез белән авыручыларның гиперсизгерлек диагностикасын һ.б. үз эченә ала.
Туберкулез һәм микобактерияләрне серияле ачыклау комплектлары:
| Товар № | продукт исеме | продукт сынау эчтәлеге | үрнәк төре | кулланыла торган модель |
| HWTS-3012 | Үрнәк чыгару агенты | Какырык үрнәкләрен сыекландыруда кулланыла, беренче класслы рекорд номеры - Sutong Machinery Equipment 20230047. | какырык | |
| HWTS-NGS-P00021 | Югары сизгерлекле туберкулез өчен Qualcomm күләм ачыклау комплекты (зонд тоту ысулы) | Бактерияләргә тискәре үпкә туберкулезы һәм баш мие төеннәре өчен инвазив булмаган (сыек биопсия) гиперсизгерлекне ачыклау; Туберкулез яки туберкулез булмаган микобактерияләр белән зарарланган дип шикләнелгән кешеләрнең үрнәкләре югары тирәнлекле секвенирлау метагеномикасы ярдәмендә анализланды, һәм туберкулез яки туберкулез булмаган микобактерияләр зарарланганмы-юкмы икәнен ачыклау мәгълүматы һәм туберкулез микобактериясенең беренче линия даруларга чыдамлыгы турында төп мәгълүмат бирелде. | Периферик кан, альвеоляр лаваж сыекчасы, гидроторакс һәм асцит, фокус пункциясе үрнәге, арка мие сыекчасы. | Икенче буын |
| HWTS-NGS-T001 | Микобактерияләр типлаштыру һәм даруларга чыдамлыкны ачыклау комплекты (мультиплекс амплификация секвенирлау ысулы) | MTBC һәм 187 NTM кертеп, Mycobacterium типлаштыру тесты；Mycobacterium tuberculosis даруларга чыдамлыкны ачыклау 13 даруны һәм даруларга чыдамлык геннарының 16 төп мутация урынын үз эченә ала. | Какырык, альвеоляр лаваж сыекчасы, гидроторакс һәм асцит, фокус пункциясе үрнәге, арка мие сыекчасы. | Икенче/өченче буын ике платформалы |
Иң мөһим әйберләр: HWTS-NGS-T001 Микобактерияләр типлаштыру һәм даруларга каршы торучанлыкны ачыклау комплекты (мультиплекс амплификация ысулы)
Продукция белән таныштыру
Бу продукт Бөтендөнья сәламәтлек саклау оешмасының туберкулезны дәвалау күрсәтмәләрендә тасвирланган беренче һәм икенче линия препаратларына, NTM дәвалау күрсәтмәләрендә еш кулланыла торган макролидларга һәм аминогликозидларга нигезләнгән, һәм даруларга чыдамлылык урыннары Бөтендөнья сәламәтлек саклау оешмасының Mycobacterium tuberculosis комплексы мутациясе каталогындагы даруларга чыдамлылык белән бәйле урыннарның бер төркемен дә, шулай ук үз илебездә һәм чит илләрдә югары балл җыйган әдәбиятны тикшерү һәм статистика буенча башка хәбәр ителгән даруларга чыдамлылык геннарын һәм мутация урыннарын үз эченә ала.
Типлаштыруны идентификацияләү Кытай туберкулез һәм сулыш юллары авырулары журналы тарафыннан бастырылган NTM күрсәтмәләрендә кыскача күрсәтелгән NTM штаммнарына һәм белгечләрнең фикеренә нигезләнә. Эшләнгән типлаштыру праймерлары 190 нан артык NTM төрен көчәйтә, эзлекле итә һәм аннотацияли ала.
Максатчан мультиплекс ПЦР амплификация технологиясе ярдәмендә Mycobacterium генотиплаштыру геннары һәм даруларга чыдам геннары мультиплекс ПЦР белән амплификацияләнде, һәм ачыкланырга тиешле максатчан геннарның ампликон комбинациясе алынды. Амплификацияләнгән продуктлар икенче буын яки өченче буын югары җитештерүчәнлекле секвенирлау китапханәләренә төзелергә мөмкин, һәм барлык икенче буын һәм өченче буын секвенирлау платформалары максатчан геннарның эзлеклелек мәгълүматын алу өчен югары тирәнлекле секвенирлауга дучар ителергә мөмкин. Кертелгән белешмәлек базасында булган билгеле мутацияләр белән чагыштырып (шул исәптән БСО Mycobacterium tuberculosis комплексы мутация каталогы һәм аның даруларга чыдамлык белән бәйләнеше), туберкулезга каршы препаратларның даруларга чыдамлыгы яки сизгерлеге белән бәйле мутацияләр билгеләнде. Macro & Micro-Test'ның үзеннән-үзе ачылган какырык үрнәген эшкәртү эремәсе белән берлектә, клиник какырык үрнәкләренең түбән нуклеин кислотасы амплификация нәтиҗәлелеге проблемасы (традицион ысулларга караганда ун тапкыр югарырак) хәл ителде, шуңа күрә даруларга чыдамлык секвенирлавын ачыклау клиник какырык үрнәкләренә турыдан-туры кулланылырга мөмкин.
Продукцияне ачыклау диапазоны
34даруларга чыдамлылык белән бәйле геннар18туберкулезга каршы дарулар һәм6NTM препаратлары ачыкланган, алар үз эченә алган297даруларга чыдамлык урыннары; туберкулезның ун төре һәм аннан да күбрәк190төрле NTM ачыкланган.
1 нче таблица: 18+6 +190+NTM препаратлары турында мәгълүмат
Продукция өстенлеге
Клиник яктан көчле адаптация: какырык үрнәкләрен культурасыз үз-үзен сыекландыручы агент белән турыдан-туры ачыкларга мөмкин.
Эксперименталь операция гади: көчәйтү операциясенең беренче этабы гади, һәм китапханә төзелеше 3 сәгать эчендә тәмамлана, бу эш нәтиҗәлелеген арттыра.
Комплекслы типлаштыру һәм даруларга чыдамлылык: клиник мәсьәләләрнең төп нокталары булган MTB һәм NTM типлаштыру һәм даруларга чыдамлылык урыннарын яктырту, төгәл типлаштыру һәм даруларга чыдамлылыкны ачыклау, бәйсез анализ программасын хуплау һәм бер басу белән анализ отчетларын булдыру.
Ярашучанлык: продукт туры килүчәнлеге, төп ILM һәм MGI/ONT платформаларына җайлашу.
Продукция спецификациясе
| Продукт коды | продукт исеме | Детекторация платформасы | спецификацияләр |
| HWTS-NGS-T001 | Микобактерияләр типлаштыру һәм даруларга чыдамлыкны ачыклау комплекты (мультиплекс амплификация ысулы) | ONT 、 Illumina 、 MGI 、 Salus pro | 16/96rxn |
Бастырып чыгару вакыты: 2024 елның 23 гыйнвары